早期花窗玻璃多以圣经故事为内容，以光线配合图案的效果感动信徒。而一些教会所在地本地的传说和神话，也会进入其主题之中。近代以来，花窗玻璃彩色玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑、室内空间、产品中获得应用。
12世纪，人们发现在玻璃里添加各种金属或者盐类，会让玻璃呈现出不同的颜色，彩色玻璃诞生了。在那个时代，彩色玻璃主要被用来制造教堂里的装饰玻璃，去欧洲旅行，可以看到几乎所有的教堂都用美丽的彩色玻璃装扮起来。
这种独特的玻璃窗花艺术在12世纪和13世纪的哥特式艺术时代达到顶峰。尤其以哥特式教堂内的彩色玻璃窗最为出名。